יצחק לוי נולד ב-1911 בעיר מניסה שבקרבת איזמיר למשפחה יהודית ספרדית. בגיל שלוש עלה עם משפחתו לארץ ישראל, שהייתה אז תחת שלטון המנדט הבריטי. הוא למד מוזיקה ופיתוח קול בקונסרבטוריון הארץ-ישראלי למוזיקה ולדרמה בירושלים (כיום האקדמיה למוזיקה ולמחול בירושלים). יצחק לוי עבד כמלחין וחזן, הלחין יצירות לפסוקים מקראיים ופזמונים שנכתבו על ידי משוררי "תור הזהב" של התרבות היהודית בספרד, ביניהם רבי יהודה הלוי, רבי שלמה אבן גבירול, ורב אברהם אבן עזרא.
לאחר קום המדינה מונה לוי לראש מחלקת הלדינו ב"קול ישראל", רדיו המדינה. בשנת 1954 ייסד סדרת שידורים בלדינו (יהודית-ספרדית), ובשנת 1963 מונה למנהל תוכניות המוזיקה של עדות ישראל ב"קול ישראל". מפעל חייו היה איסוף ושימור השירים של יהודי ספרד, אשר הועברו בעל-פה מדור לדור במשך יותר מ-500 שנים. במהלך חייו פרסם ארבעה ספרים הכוללים רומנסות ספרדיות, ועוד עשרה כרכים של שירים ליטורגיים. ביניהם שני ספרי מוזיקה ידועים: "ספר הרומנסות של יצחק לוי" וכן "האנתולוגיה לחזנות ספרדית". הוא הקליט שירי לדינו רבים מפי קשישים דוברי לדינו שהכיר וניסה לתעד את הנעימות בתווים וכמו כן גם לכתוב את המילים. כמו כן הוא גם יזם הקלטות מסחריות של זמרים מקצועיים לשירי הלדינו והפיוטים, ביניהם יהורם גאון. כמו כן, לוי היה שותף ליצחק נבון ביצרת המחזמר המצליח בוסתן ספרדי.
רעייתו, כוכבה לוי (נולדה ב-1946), היא זמרת שירי ספרד ומבצעת מיומנת של מוזיקה ספרדית. בתם, יסמין לוי, היא זמרת ויוצרת ישראלית הממשיכה את מסורת השירה ביהודית-ספרדית.
יצחק לוי נפטר בירושלים בשנת 1977. ארכיונו, ובו יצירות וטרנסקריפציות, שמור בספריה הלאומית של ישראל.
