יצחק אליהו נבון נולד באדריאנופול (אדירנה של היום) בי'ג אייר תרי'ט (1859). אביו ר' אליהו נבון נמנה עם חוגי המשכילים ועסקני הציבור של הישוב היהודי בעיר זו, שמן המאה ה-י'ז ועד למלחמת העולם הראשונה ישבה בה אחת הקהילות היהודיות-ספרדיות המשגשגות ביותר בממלכה העות'מאנית. יאמר שחכמי אדריאנופול הצטיינו במיוחד בשירה העברית ובמוסיקה, תחומים בהם הצטיין גם י'א נבון.
מראשית דרכו הושפע נבון מהרוחות החדשות שנתפשטו במרכזים העירוניים הגדולים של הממלכה העות'מאנית בשנות הששים של המאה ה- י'ט: ההשכלה והחיאת הלאומיות היהודית. יהודים משכילים ממרכז ומזרח אירופה שהתישבו באדריאנופול, השפיעו בצורה ניכרת על המשכילים הספרדיים הצעירים בעיר זו. משכילים אשכנזיים אלה הפיצו את ספרות ההשכלה בחוגי הצעירים המקומיים. המזרחן ההונגרי יוסף הלוי, מחלוצי חקר יהדות אתיופיה ותימן, שהיה גם עיתונאי ומשורר, היה אחת הדמויות הבולטות בחוגים בהם גדל נבון.
בעקבות השפעות אלו חלו שינוים ביחסם של ספרדי אדריאנופול לדפוסי ההתנהגות והחשיבה המסורתיים. נבון חונך על ברכי השפה העברית על ידי אביו שלימים היה ממיסדי החברה 'דורשי לשון ציון' בקושטא. הוא למד בבית ספר 'כל ישראל חברים' באדריאנופול, שהיה בין הראשונים שהקים אירגון זה. בין מחנכיו וידידיו נמנו בכירי המשכילים הספרדיים בעת ההיא, כגון ר' ברוך בן יצחק מטראני (בני'ם), וההסטוריון וחוקר הספרות אברהם דנון שיסד בשנת תר'מ את החברה 'דורשי השכלה' ובית מדרש 'מתקדם' לרבנים. דמויות אלה היוו דגם לחיקוי עבור נבון.
בגיל שמונה עשרה עבר נבון עם הוריו לכושטא. הוא נתמנה למזכיר ועוזרו האישי של הגביר משה בר נתן, מנכבדי הקהילה היהודית בבירת הממלכה העות'מאנית. בר נתן קיים קשרים עם אישים בולטים מיהדות מרכז ומזרח אירופה, כגון אדם הכהן לוינזון, קלמן שולמן, י'ל גורדון ואחרים, אשר פנו אליו לעזרה ותמיכה כספית. נבון תיווך בין יהודים אלה לבין בר נתן, ועל-ידי כך שמו היה מוכר במרחקים.
במקביל לעבודתו עם בר נתן, החל נבון לפרסם מאמרים ורשימות בעיתונים היהודים בקושטא 'איל טיימפו' ו'איל טיליגראפו'. מאמריו עסקו בעניני השעה. באותה עת הוא החל לפרסם את שיריו מעל דפי העיתונים האלה. כשרונו הלשוני והשכלתו הרחבה שבאו לידי בטוי במאמריו ובשיריו משכו את תשומת ליבו של נחום סוקולוב שמינה אותו לכתב העיתונים היהודים החשובים באירופה המזרחית, 'הצפירה' ו'האסיף' בתורכיה. בעיתונים אלה פרסם נבון כתבות סקר המשקפות היבטים שונים בחיי הקהילה היהודית בכושטא בזמנו ובתוך כך המחלוקות הרבות שפקדו אותה בסוף המאה ה-י'ט ובראשית המאה ה-כ' בין הפלגים השמרניים לבין הפלגים המתקדמים סביב חלוקת הסמכויות והמשאבים של הקהילה.
בית משפחת נבון בכושטא הפך במרוצת השנים מוקד לעליה לרגל לאישים יהודים חשובים שהגיעו מאירופה בדרכם לארץ ישראל וממנה. כך הכיר נבון באופן אישי כמה ממנהיגיה הבולטים של התנועה הציונית כגון הרצל, וולפסון, אושיסקין וז'בוטינסקי. ועוד פרט מענין: טקס הנשואין של אליעזר בן יהודה נערך בבית אביו של נבון. הקשר שבין בן-יהודה לי'א נבון התחזק במרוצת הזמן כשהאחרון השתדל אצל רשויות הממלכה למען השגת היתר להוצאת עיתונו של בן-יהודה, 'הצבי'. נבון פרסם כמה רשימות גם בעיתון זה.
פעילותו של נבון כמשורר וכזמר לא פסקה בכל ימי חייו והוא הקדיש לה חלק נכבד מזמנו. בתחות השירה יש להבדיל בין שני מימדים בפעילותו של נבון: חיבור של שירים עם או בלי מנגינה, ועריכה ותרגום של שיריהם של משוררים אחרים.
נבון חיבר שני סוגי שירים: א) שירי תוכחה וביקורת הקשורים לפעילותו הציבורית ולעניני חברה; ב) שירים ליריים חילוניים (טבע, אהבה) או בעלי תוכן דתי (למשל כיסופי גאולה). סגנון שיריו משלב אלמנטים ממקורות שונים ולפעמים אף מנוגדים. בבסיס סגנון זה נמצא דפוסי פייטנות דתית של יהודי תורכיה אשר גובשו במאה ה-י'ז ואילך: צורות סטרופיות מרובעות (בחרוזים אאבב, אאאב או אאבא), משקלים הברתים-פונטים, ושיבוצים מהמקורות לצד מליצות השואבות השראה מהשירה התורכית. במסגרות צורניות ארכאיות אלה שילב נבון גם נושאים אקטואליים ומטבעות לשון הלקוחות מן השירה העברית המודרנית. הוא כתב גם שירי קודש על בסיס של חיקוי שירים תורכים חילוניים כפי שנהגו קדמוניו. הוא הגדיל לעשות בנושא זה, כי לא הסתפק בחיקוי הפתיחה של השיר הנוכרי כפי שהיה נהוג אלא שניסה למצוא מקבילה עברית לכל מילה תורכית.
לזכותו של נבון יש לזקוף את העריכה והפרסום של פיוטים עתיקים, פרי עטם של משוררי תורכיה הקדומים, ובעיקר אלה מאדריאנופול. פעולה זו יזם המדפיס בנימין בכר יוסף בקושטא אשר רתם את נבון למפעל חשוב זה שבסיכומו פורסם הספר 'שירי ישראל בארץ הקדם' )להלן שיב'ה( ב-1921. ספר זה יסודו במבחר שירים מתוך כתבי יד ישנים שהגיעו לידיו של בכר יוסף. נבון הגיה וערך את השירים וסידר אותם על פי המקאמים התורכים כפי שהיה נהוג על ידי הפייטנים הקדומים. הוא הוסיף לשירים העתיקים, שירים משלו ומשל בני זמנו, כגון שיריו של הרב חיים בן משה ביז'אראנו, מראשי הרבנות בקושטא. להוצאת הספר גייס נבון את גדולי החוקרים של תורכיה, מורו אברהם דנון וההיסטוריון שלמה רוזאניס, כדי שיכתבו מבואות מדעיים. בנוסף פנו נבון ויוסף בכר לחיים נחמן ביאליק וזה כתב מעין הסכמה בצורת מכתב הערכה, בה הוא מדגיש בין היתר את תרומתם של יהודי המזרח לתחיית הנגינה העברית:
בנוסף לעריכה, נבון פירסם גם תרגומים לספרדית-יהודית של פיוטים ותפילות. מטרת התירגומים האלה היתה לקרב את התפילה לאותם חלקים בציבור שקצרה ידיעתם בעברית מכדי להבין את הטקסטים האלה.
בקיאותו של נבון בשירה העתיקה כחדשה נבעה בין היתר מנתוניו הטבעיים כזמר ומהידע שצבר כחבר פעיל במקהלת המפטירים באדריאנופול ומאוחר יותר באיסתאמבול. נבון היה הכח המניע מאחורי האירגון מחדש של המפטירים מאדריאנופול באיסתאמבול אחרי מלחמת העולם הראשונה.
ראוי להוסיף, כי ר' יצחק נבון מצטיין בקול ערב ובמשך שנים רבות היה כנזכר לעיל ממנהיגי מקהלת המפטירים בקושטא. על ידי כך, קנה בקיאות בחכמה זו, והנהו נחשב כיום לאחד המעטים מיחידי סגולה, המרכז בידו אוצרות, בבדידותו הגדולה בירושלים, עיר רבת סופרים מכל הסוגים, ביניהם כמה ממכריו לפנים, ארגן קבוצת צעירים חשובים, והוא מלמד בלילות שלא ע'מ לקבל פרס פרק בזמרה המזרחית לכל גלוייה. בין חניכיו שאצל מרוחו וחכמתו עליהם, יצוינו ביחוד החזנים ה'ה יוסף סיקרון ושמואל אלקלעי, שניהם ילידי ירושלים.'
רשימת אנשי המוסיקה שהיו בקשר עם נבון בארץ אינה מותירה מקום לספק שהאיש שימש צינור ראשי להבאת המסורת המוסיקאלית היהודית-תורכית לארץ ישראל, ושהוא השפיע השפעה לא מבוטלת על עיצוב הזמר העברי בראשית דרכו. תרומה זו לא זכתה להכרה הראויה. כפי שמציין מ'ד גאון:
בשנותיו האחרונות נבון התיישב בתל-אביב. הישיש הבודד המשיך לחבר שירים ופזמונים והיה שולח אותם לידידיו ומכריו כדי שאלה ימצאו במה כדי לפרסם אותם. למרות גילו המופלג, הוא היה מנעים בקולו את זמנם של מבקריו עד למותו בערב ראש השנה שנת תשי'ב (1952), והוא בן 93. בטרם מותו זכה לתשורה מידי מקורבו יצחק לוי, שפרסם ב-1950 את ספרון התוים 'יונה הומיה - משירי יצחק אליהו נבון' בהוצאת המרכז לתרבות שעל יד ההסתדרות. בספר שנים עשר שירים שחוברו, הולחנו, או הושרו על ידי י'א נבון.