נולד ב-11 באפריל, 1908, בטוצ'אפי (היום בצ'כיה). למד ניצוח והלחנה בקונסרבטוריון למוסיקה בפראג. לאחר סיום לימודיו ב-1929, עבד אצל הרמן צ'רשאן כמאמן קולי בבית האופרה של מינכן. הוא ניצח על התזמורת בתיאטרון 'ליברטד' בפראג, ובין השנים 1933-1938, עבד כמהנדס קול ומנצח ברדיו הלאומי בעיר. במהלך שנתו הראשונה ברדיו, למד ניצוח עם ואצלב טאליך.
זמן קצר לאחר הגעתו לגטו טרזינשטט ב-1942, החל לעבוד על הקמתה של תזמורת המיתרים הראשונה של הגטו. אף על פי שכלי נגינה היו נדירים בגטו, הצליח אנצ'רל לארגן הרכב שכלל 16 כינורות ראשונים, 12 כינורות שניים, 8 ויולות, 6 צ'לי וקונטרבס. הכנר הצעיר והמוכשר קרל קרוליך נבחר להיות הכנר הראשון, ולאחריו הכנר הותיק אגון לדץ'. כך כותב מבקר המוסיקה של טרזינשטט, ויקטור אולמן, על הופעת הבכורה של יצירתו של פאבל האס 'תרגיל לתזמורת למיתרים', בניצוחו של אנצ'רל:
'קרל אנצ'רל הוא מנצח בעל שיעור קומה ויודע-כל. הוכחה לאיכויותיו ולסבלנותו הלא אנושית נמצאת במאמציו ההרואיים לחבר יחדיו ולהקים את הגוף המוסיקלי הזה [תזמורת המיתרים של טרזינשטט]. כמנצח, אנצ'רל מזכיר את טאליך והרמן צ'רשאן. כמו האחרון, גם הוא חלוץ של מוסיקה חדשה, והצליח להציג בכורה יפה ומעוררת השראה ליצירתו של האס'.
הפרויקט של אנצ'רל היה ראשון מסוגו בטרזישנטט, כאשר ב1944 ניתן היה למנות ארבע תזמורות נוספות וכמה הרכבים קטנים יותר שפעלו במחנה. תזמורת המיתרים של אנצ'רל פרחה עד אוקטובר 1944, המועד בו אנצ'רל ורוב המוסיקאים עליהם ניצח גורשו לאושוויץ. הוא היה היחיד ממשפחתו ששרד.
לאחר מלחמת העולם השנייה, חזר אנצ'רל לפארג, וקיבל הצעה להיות המנצח של בית האופרה. ב-1947 התמנה למנצח התזמורת הסימפונית של רדיו צ'כיה. בין השנים 1950-1968 ניצח על התזמורת הפילהרמונית הצ'כית, ובעת ההיא ערך סיבובי הופעות רבים כמנצח אורח ברחבי אירופה, צפון אמריקה ואסיה. ב-1958, זכה בפרס הלאומי הצ'כוסלובקי לניצוח, וב-1966 הוכתר כאמן הלאומי.
ב-1969, עזב את צ'כוסלובקיה ועבר לקנדה, בכדי לתפוס את מקומו של אוזאווה כמנהל המוסיקלי של התזמורת הסימפונית של טורונטו, משרה בה החזיק עד מותו בשנת 1973. אנצ'רל הותיר דיסקוגרפיה נרחבת, המכסה שורה של מלחינים על יצירותיהם זכה לנצח, ביניהם: מוצרט, רחמנינוב, ינאצ'ק, סמטנה, דבוז'אק ואחרים.
