יהודית כהן נולדה בגרמניה, עלתה ארצה בגיל ארבע עם משפחתה והתגוררה בתל אביב. כבר בילדותה ניגנה בחלילית, בהמשך – בקלרינט, ועם סיום לימודיה התיכוניים החלה ללמוד במדרשה למורים למוסיקה (1956-1953) במסגרת לימודי עתודה. בשנת 1956 הייתה בין ראשוני הזמרים במקהלת "רינת". לאחר שירותה הצבאי נסעה לציריך, שוויץ, שם כתבה את עבודת הדוקטור שלה, שהתמקדה במוזיקה של הרנסנס.
עם שובה ארצה החלה ללמד במדרשה למורים למוסיקה ובמוסדות נוספים. היא הצטרפה לסגל החוג למוסיקולוגיה באוניברסיטת תל אביב עם ייסודו, וכיהנה פעמיים כראשת החוג. בשנים 1991-1987 עמדה בראש המדרשה למוסיקה שבמכללת לוינסקי; ובשנים 2012-2008, הייתה ראשת החוג לספרות, לאמנות ולמוסיקה במכללת צפת.
תחומי המחקר של כהן הם המוזיקה ברנסנס והבארוק המוקדם, היסטוריה וביבליוגרפיה של מוזיקה יהודית, המוזיקה של המלחין היהודי-איטלקי סלמונה רוסי, מוזיקה ושירה במדריגל האיטלקי, אינטרטקסטואליות במוזיקה והתקבלות מוזיקלית.
מקור: מבוסס על מילים שנכתבו לזכרה ב"קול המוזיקה", וכן על ביוגרפיה מורחבת בבלוג "רגע מוזיקלי" (בלוג מרכז המוזיקה והספרייה ע"ש פליציה בלומנטל).